公开可用的脊索瘤数据集列表
浏览这份全面的、公开可用的脊索瘤数据集清单，其中包含已发表和未发表的资源，供研究人员和临床医生使用。该实时电子表格收录了多种数据类型，包括RNA测序、甲基化、全外显子组测序（WES）和全基因组测序（WGS），为脊索瘤研究提供宝贵数据，并有助于加深对该疾病的认识。
模型测序数据
Chordoma Foundation利用全外显子组测序进行了21个脊索瘤细胞系和12个异种移植模型的全面 characterization （WES）（100X，150bp配对末端）和全转录组测序（WTS）（80M条读取序列，150bp配对末端）对21条软骨肉瘤细胞系和12个患者来源的异种移植（PDX）模型进行了全面的特征分析。 为了考虑基因表达的变异性，每个模型均对四个生物重复（即不同的PDX肿瘤或细胞培养皿）进行了全转录组测序，且每个重复至少经过两次传代。
原始测序数据可在Cavatica上下载。
模型测序汇总数据可在PedcBioPortal 上获取。
关于如何在 Cavatica 上获取原始测序数据的说明
在Cavatica上注册一个账户，并申请访问“Chordoma Foundation Dataset”。一旦访问获得批准，请在“Model_Data_Batch_1”和“Model_Data_Batch_2”子文件夹中查找相关文件。 最新的RNA-Seq数据位于“Model_Data_Batch_2”文件夹中，具体在“source-data”子文件夹内。
在浏览 Cavatica 时，“样本 ID”列表示模型名称，“样本类型”则表示细胞系或 PDX。 相关文件在“Experiment Strategy”下归类为 RNA-Seq。每个模型包含 N=4 个生物重复的 RNA-Seq 文件，重复文件分别标记为 R1、R2、R3、R4，偶尔也有 D1。请注意，21 条细胞系和 12 个 PDX 的数据分布在多个页面上。
以下是关于从 Cavatica 批量下载数据的一些信息。
如果您在数据访问或浏览方面需要任何帮助，请联系我们。
